Sama implantacja soczewki fakijnej nie zajmuje dużo czasu. Ważne jest jednak, aby w jej trakcie nie uszkodzić soczewki naturalnej oka. Ponadto obie soczewki – fakijna i naturalna – nie mogą się ze sobą stykać.
Najczęstszym powikłaniem po zabiegu wszczepienia soczewki może być zbyt bliska odległość soczewek naturalnej i fakijnej. Wówczas istnieje ryzyko rozwoju zaćmy i konieczne jest usunięcie wszczepionej soczewki. Niezwykle rzadkim powikłaniem po wszczepieniu implantu soczewki może być atak jaskry.
Odwracalność zabiegu to główny atut nowoczesnej metody leczenia wysokich wad wzroku, jaką jest wszczepienie soczewki fakijnej.